A Equipe Pedagógica do CEEBJA  é composta por três Pedagogas e depende do porte da Escola que varia de acordo com o número de matrículas. Geralmente uma atua no período da manha atendendo a Educação Especial e as organizações individual e coletivo no Ensino Médio e no Fundamental e duas no período noturno atendo o maior fluxo de alunos e professores